江戸時代には土佐藩の祈願所として栄えましたが、明治の廃仏毀釈により廃寺となり、明治16年(1883)再興。 奥の院横の岩窟から流れ出る湧水は「大師加持水」と呼ばれ、高知県名水40選の一つ。
大日寺から2kmほどの所に「龍河洞」(りゅうがどう)があります。これは日本3大鍾乳洞のひとつで、総延長4kmの天然記念物指定の自然洞。約1km見学コースあり。